芦山地震发生后，各级疾控和卫监部门迅速向芦山集结，截止4月21日9时，省内15个单位（含雅安其他市、县）73人集结到芦山县。
420芦山地震省市县三级卫生防疫指挥部于4月21日凌晨1时召开了第二次工作会议，会议就国家领导人、国家卫生和计划生育委员会、省卫生厅等各级会议抗震救灾工作指示精神进行了传达。按照会议要求对芦山地震灾后卫生防疫工作方案进行了调整和充实，根据各级疾控和卫监部门集结情况再次修订了《4.20芦山地震卫生防疫指挥部工作方案》、《420芦山地震灾区卫生防病工作快速评估报告》，决定实行省内市对口联系乡工作方案，制定了除三州外9个市州联系芦山9个乡镇，其它8个市分别联系宝兴、天全和雨城等县，零星到来的外省、外市县负责灾民集中安置点的工作分片责任包干工作办法，并根据灾情动态及时调整。进一步完善上报了全市包括芦山县卫生防疫工作所需的应急物资清单。
各到位工作组已于今天按各自职责开展现场工作。绵阳市疾控组负责龙门；眉山市疾控组负责飞仙；都江堰市疾控组负责新芦山中学、体育馆、三小；荥经县疾控组负责芦山县人民医院、根雕一条街；德阳市疾控组负责骆家营、车站、农村信用联社；绵竹疾控组负责芦阳小学、西街农贸市场、北街市场；汉源疾控组负责中心广场、水果市场、老芦山中学；雅安市疾控组部分人员和石棉疾控组负责幼儿园、林业局，开展了安置点卫生管理、消杀灭、健康教育和疫情处置，累计出动卫生防疫人员近100人，出动车辆近20辆。
截止22日18时，已消毒422150平方米，累计消毒608130平方米。接种狂犬疫苗12人（其中1名达州救援队员），累计接种狂犬疫苗20人。
21日，我中心紧急启动全市各直报单位和灾民安置点传染病及突发公共卫生事件应急监测工作。从22日起，开展传染病及突发公共卫生事件监测日分析，指导各区县开展灾后传染病防控工作。
为确保大灾之后无大疫，市健康教育所、市疾控中心联系市政府应急办，申请通过中国移动、中国联通、中国电信、广播电台等各种通讯渠道，将血吸虫病防治知识、灾区个人卫生、饮水卫生、饮食卫生、环境卫生、心理卫生的文字材料、专家访谈节目光碟、短信息内容告知广大市民和前来雅安的救援队伍。同时，继续提供7种地震灾后防病知识送雅安市电视台采编播放，并提供“灾后卫生防病知识”送雅安日报社。
中午11时多，收到四川省“4.20”医疗救治指挥部卫生防疫组下发的地震灾后健康教育宣传资料后，市健教所迅速分发到全市6县2区，共计发放灾后防病知识宣传单8种64000份，宣传画1种9000份，墙报3种6800份，卫生防病手册1种11200份，灾后卫生防疫知识专家访谈节目光碟9套。
22日凌晨2时，接待云南彝良应急队，及时请示市政府应急办并积极妥善安排。
17时，根据宝兴县灾情需要，市疾控中心第四应急分队赶赴宝兴县。
17时30分，中心派出1辆救护车，抽调10名专业技术人员前往天全县始阳镇开展灾后钩端螺旋体鼠密度调查和鼠带菌率调查。
市疾控中心通知6县2区疾控中心开展此次灾情损失情况评估，梳理上报灾后重建项目计划；整理应急物资需求表上报市卫生局；完成市疾控中心灾后恢复重建规划实施项目明细表。
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