开展科学研究和对外合作交流是保护区发展的命脉，蜂桶寨保护区先后与中国科学院、四川师范大学、四川农业大学、西华师范大学等院校合作，开展了保护区内野外大熊猫种群的调查、大熊猫的DNA鉴定、大熊猫蛔虫病流行病学的监测以及小型兽类的调查研究。1991年以来，与美国、加拿大、瑞士、德国等国际科研机构合作，开展绿尾虹雉繁殖的科研项目，十几年来，积累了丰富的经验，收集了大量的绿尾虹雉繁殖行为的图像资料和文字资料。逐渐攻克了一个又一个的技术难关，取得了阶段性的成果，2004年合作期满后，蜂桶寨保护区独立承担继续开展这项具有国际难度的科研项目，2006年成功繁殖了9只雏鸟，超过了历史最高水平，现在雏鸟生长状况良好。
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