雅安市气象局实行上级气象主管机构与本级人民政府双重领导、以上级气象主管机构领导为主的管理体制。市局有3个内设机构、5个直属事业单位、1个独立设置的县级气象主管机构(雅安气象站),下辖7个县(区)局:宝兴、芦山、天全、名山、荥经、汉源、石棉。全市气象部门共有干部职工225人,其中国编在职114人、国编离退休81人、外聘30人。市本级共有干部职工136人,其中国编在职64人、国编离退休50人、外聘22人。
受市人民政府委托,代管市农业气象中心(农村经济综合信息网)、市人工影响天气办公室、市防雷中心3个地方气象机构,有地方气象事业编制6人。