办公室(负责人：李维维)。负责日常运转，承担组织、人事、文秘、会务、机密机要、信访、档案、目标绩效管理、接待等工作；负责设施设备管理、国有资产管理，承办政府采购、公务用车管理等后勤保障工作；承办永管中心领导交办的其他工作。
财务科(负责人：曹芳)。负责依法、合理的使用建设资金及运行管理费；负责财务管理日常工作；承办永管中心领导交办的其他工作。
工程科(负责人：李德劲)。负责按照国家政策、法规、行业规范对工程建设现场安全生产、工程质量、工程进度进行管理；负责组织协调参建方对施工中出现的技术难题进行及时处理；负责工程量审核工作；负责工程验收相关工作；承办永管中心领导交办的其他工作。
计划科(负责人：冯若愚)。负责永定桥水库招投标相关工作；负责编制工程年度计划，管理、使用建设资金；负责项目概算调整工程核算、投资控制等相关工作；承办永管中心领导交办的其他工作。
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